Программа hugin - она сама всё может делать, надо только две кнопки нажать. Правда, при ручной расстановке точек получше получается. Кстати, очень захватывающий процесс расстановки точек на паршивой панораме, не хуже чем тетрис в детстве.

У меня опыт ненамного больше вашего (а может быть, и меньше) - я когда статью на ixbt про hugin прочитал, сделал всего две панорамы. И обе паршивые, ибо штатив не панорамный, а обычный за 700 рублей, к тому же аппарат я на 90 градусов повернул, как следствие - параллакс знатный между любыми двумя кадрами. Плюс деревья и облака шевелятся, а облака ещё солнце порой скрывают со всеми вытекающими.
В общем, устанавливаете hugin, открываете им файл в папке pano, всё должно загрузиться, там уже оптимизированные значения. Ну и на последней вкладке кнопка "собрать". Размер панорамы я в два раза уменьшил (чтобы по времени меньше было, хотя для теста, наверное, надо было исходный оставить). Вывод в тифф происходит. А ещё галку в графе "вывод" только одну оставляете - либо "бесшовная панорама", либо "сначала enfuse, потом enblend".
Волна - это, видимо, надо ракурс панорамы менять, в хьюджине это делается прямо в предпросмотре панорамы.
PTGui не пробовал. Вроде там те же самые программы собственно для сшивания используются. Кстати, сколько у вас по времени получилось?
В общем, один результат точно в пользу вашей точки зрения - SSD на MLC памяти не годится для ежедневной склейки больших панорам, ибо за месяц подобного использования износится в хлам. Хотя ежели на панорамах большие деньги зарабатывать, то наверняка он за этот месяц многократно окупится, и можно будет уже SLC купить.

А ещё у меня в HDR почему-то не получается вывести - получается белое поле, в лучшем случае несколько небелых пикселей, по которым угадывается изначальное изображение.