При сохранении готового изображения, оно сохраняется в размере в 2 раза меньшем. Т.е. начальные файлы имеют размер 5184*3456, а в итоге сохраняется 2448*1632. ...
В чем может быть проблема?

Разработчики программы пишут, что это имеет место на незарегистрированных версиях после окончания trial-периода: http://www.heliconsoft.com/forum/viewtopic.php?f=9&t=4402