Исходные причины могут быть такие:
- если используется перемещение камеры, то очень заметно меняются относительные размеры близко и далеко расположенных объектов. На это дело должно сильно влиять ФР объектива (чем короче ФР - тем сильнее меняется масштаб при изменении дистанции съёмки);
- при смене наведения на фокус с близких объектов на дальние границы объектов на ПП широко размываются, закрывая более резкий ЗП;
- объекты слегка переместились в ходе съёмок друг относительно друга. Но это последняя причина...
Все эти вещи (плюс операции сдвига и масштабирования) приводят к тому, что при стекинге на изображениях обязательно появляются дырки вокруг объектов на ПП - участки, для которых просто не находится соответствующего изображения. Программы для стекинга пытаются разными способами "залечивать" их, заполняя наиболее подходящим образом (с точки зрения программистов). У одних что-то получается лучше, у других - хуже. Примерно так...