О, тогда нормульки! Программа, ежели имеется в виду для стекинга (типа CombineZP), конечно же справится: первым шагом там является запуск макроса, который выравнивает картинки по X/Y и подгоняет их масштабы друг к другу, а также яркости уравнивает. В последней версии "Комбайнера", кстати, есть усиленный, но жутко долгоиграющий макрос, который ещё заодно и выравнивает повороты вокруг оптич. оси. Для микроскопов/бинокуляров это не актуально, но вот для ручной съёмки - просто СУПЕР! Сильно впечатлился, когда попробовал одну проблемную стопочку кадров сшить...
А вот с качеством дело м.б. хужее, это да...

Однако, есть ещё сурьёзные вопросы по использованию брекетинга фокусировки с этими навороченными CHDK:
1. Можно ли ими пользоваться при съёмке с компа? Подозреваю, что ни одна прога на эти недокументированные функции не рассчитана, т.е. придётся мануально снимать или, в самом лучшем случае, писать специальную прогу (по сути - воспроизводить заново те, что существуют).
2. Сколько кадров даёт брекетинг? Ежели те же 3 штуки, то этого катастрофически мало, чаще всего вообще почти ничего - ГРИП-то мизерная! С большими увеличениями число кадров может достигать даже не одного десятка...

Там есть возможность писать скрипты, можно как я понимаю задавать сколько угодно шагов и варьировать параметрами. Глубоко не копал... Вероятно даже есть готовые скрипты.