Думаю, вряд ли кто ответит по существу: вопросы уж слишком общие! Наверное, значительная доля ответов содержится в документации к бинокуляру и программам...
По обработке, ежели возникнут конкретные проблемы (с обязательными примерами изображений), то вероятность помощи будет гораздо выше.

Dima DD - спасибо за ответ, попробую рассширить проблему
сейчас я пытаюсь снимать Tingidae, делаю послойные снимки потом запускаю программу Combine ZP, выбираю один из режимов (начиная с Do Stack и последующие три) и ни в одном я не получаю идеальной картинки.
Все картинки размазаны , без фокуса, с двоящимися-десятирящимися контурами и деталями, в туманной дымке...
- что не так?
- какие настройки должны быть изначально при послойных снимках?
- возможно есть рекомендации какие параметры выставлять?
примеры изображений могу выставить с воскресенья...

А, это другое дело!

Начну с самого существенного: в программе CombineZP (нынешней версии) перво-наперво надо выполнить команду "Align and balance used frames..." Именно она сначала выравнивает картинки друг относительно друга (по X-Y смещениям, поворотам, масштабам и яркостям). Там два варианта - быстрый и долгий. Отличаются, главным образом, тем, что второй ("тщательный") вариант пытается ещё и поворачивать картинку на некоторый угол, в быстром этого нет. При съёмке с микроскопами, очевидно, достаточен быстрый вариант.
А "Do Stack" и макросы ниже уже занимаются непосредственно сшивкой выровненных изображений стопки, т.е. их надо вызывать после выравнивания.

При съёмке же одно из главных правил - чтобы зоны резкости на соседних кадрах хоть чуток, но перекрывались.

Возможно, что результат ещё улучшится, ежели перед сшивкой в CombineZP по изображениям пройтись "шумодавом" в ФШ (т.к. при сшивке программа в нерезких зонах будет выбирать самые шумные участки, это может даже помешать нормальной сшивке).

Критичным м.б. также освещение (при съёмках в отражённом свете): при слишком рассеянном свете некоторые объёмные или фактурные участки могут оказаться малоконтрастными. Тогда программа при сшивке будет часто ошибаться, выбирая нерезкие участки вместо более резких. Т.е. хорошо ещё м.б. боковым светом подчёркивать фактуры, ежели это требуется.

Про большее, наверное, можно будет сказать и что-то советовать, уже глядя на реальные картинки...

А, это другое дело!

Начну с самого существенного: в программе CombineZP (нынешней версии) перво-наперво надо выполнить команду "Align and balance used frames..." Именно она сначала выравнивает картинки друг относительно друга (по X-Y смещениям, поворотам, масштабам и яркостям). Там два варианта - быстрый и долгий. Отличаются, главным образом, тем, что второй ("тщательный") вариант пытается ещё и поворачивать картинку на некоторый угол, в быстром этого нет. При съёмке с микроскопами, очевидно, достаточен быстрый вариант.
А "Do Stack" и макросы ниже уже занимаются непосредственно сшивкой выровненных изображений стопки, т.е. их надо вызывать после выравнивания.

- о команде "Align and balance used frames..." вообще не догадывалась

При съёмке же одно из главных правил - чтобы зоны резкости на соседних кадрах хоть чуток, но перекрывались.

- то есть, я должна делать как можно меньшие повороты резкости и тем самым увеличиваю количество снимков и зоны перекрытия?

Возможно, что результат ещё улучшится, ежели перед сшивкой в CombineZP по изображениям пройтись "шумодавом" в ФШ (т.к. при сшивке программа в нерезких зонах будет выбирать самые шумные участки, это может даже помешать нормальной сшивке).

- а как эта операция звучит на аглицком , и проходить ею по каждому сделанному снимку в отдельности или она запускается для всех снимков вместе?

Критичным м.б. также освещение (при съёмках в отражённом свете): при слишком рассеянном свете некоторые объёмные или фактурные участки могут оказаться малоконтрастными. Тогда программа при сшивке будет часто ошибаться, выбирая нерезкие участки вместо более резких. Т.е. хорошо ещё м.б. боковым светом подчёркивать фактуры, ежели это требуется.

- боковой свет, есть возможность использовать , я и использовала, но без действий выше эффекта 0,0

Про большее, наверное, можно будет сказать и что-то советовать, уже глядя на реальные картинки...

- картинки выложу обязательно! на той неделе

Dima DD ОГРОМАДНЕЙШЕЕ БЛА-ГО-ДА-РЮ

Да, надо микрометренный винт (ежели он есть на этом Дискавери, не поглядел) вращать понемногу, чтобы между резкими зонами на двух последовательных снимках не было разрывов (а широкие перекрытия не обязательно делать). Это экспериментально легко определяется, глядя на картинку на компьютере. Ежели у Вас стоит камера из штатных цейссовских, то они все должны выдавать на комп лайв-вью вполне высокого разрешения (на весь экран).

В аглицкой версии ФотоШопа (мне же пришлось поставить русскоязычную) эту операцию надо искать в меню среди фильтров (Filter), там что-то вроде Noise... Reduction... - это родной "шумодав" в ФШ. В нынешней версии (5-ке) он довольно приличный. В открывающемся окошке довольно много настроек, т.е. шумодав надо обязательно настраивать до приемлемого качества, на одной из картинок (до того, что шумы на нерезких участках почти удаляются, но попиксельные более контрастные делали сохраняются). Это может занять некоторое время, но потом можно вызывать таким образом настроенный шумодав для всех остальных картинок, и в будущем тоже. Можно по отдельности для каждой, но можно и обработать всю папку со снимками в один присест. Для этого надо создать и сохранить макрос с вызовом шумодава (есть там такое окошечко для этого - Actions называется). А потом вызвать это Action в пакетном режиме (где-то в меню поискать пункты Automation и Batch operations, ежели мне память не совсем изменяет ). Но надо поучиться, почитать в инете и хелпах про это дело, тут не смогу всего рассказать, только основные возможности сейчас успеваю описать.

использовала:
AxioVision Rel.4.7
75_10x
AV 5,6
Thugsten
AF Lock
Center-weighted
AF Auto
MF Auto
ISO 80
Zoom Losk

Snap
Exsport
jpg jpeg standard
Apply display mappings
Burn-inannotations

CombineZP
Align and balance used frames

вот что получилось ((

shumodav NE ispolzovala... ne ponyala kak

использовала:
AxioVision Rel.4.7
75_10x
AV 5,6
Thugsten
AF Lock
Center-weighted
AF Auto
MF Auto
ISO 80
Zoom Losk

Snap
Exsport
jpg jpeg standard
Apply display mappings
Burn-inannotations

CombineZP
Align and balance used frames

вот что получилось

Хм... Очень правильно, что представили примеры! Прежде всего, вижу серьёзные проблемы на самих фотографиях кружевницы, ещё даже не касаясь никакого стекинга! Пока что главная задача - организовать хорошее освещение + использовать корректные настройки экспозиции. Сначала от ВСЕХ авторежимов лучше отказаться, при средних значениях диафрагмы (хотя так и не знаю, что за камера стоит, ну да это не так важно...) подобрать такую выдержку, при которой не будет возникать пересвеченных (чисто белых) участков. Если они всё-таки появляются (на бликах), но одновременно проявляются слишком глубокие тени, чёрные участки, то тогда надо работать над системой освещения: она даёт слишком контрастный, "жёсткий" свет и его необходимо каким-то образом рассеивать. Какое освещение используется?

А к стекингу стоит переходить уже с достаточно качественным фотоматериалом.

- камера Canon G9
-сегодня родной свет не работал (лампа впорядке), светила двумя по бокам, кружевница была в боксе
-бокс из пластикового стаканчика, с вырезаным донышком
- подскажите, а корректные настройки экспозиции, это какие?
-у меня все и на всех програмах (Canon, Axio)показатели на авто

Это хорошая камера, даже со скрытыми возможностями!
Нормально должно быть, в принципе. Мобыть, ежели всё равно слишком контрастно будет выходить, источники света стоит подальше от бокса располагать, для более равномерного освещения. Можно и больше, чем два... Я же обычно такую штучку использую, за пол-минуты вырезается и степлером сшивается в колечко:

Это соотношения между выдеркой и диафрагмой при заданной чувствительности. Чувствительность д.б. минимальной, чем она меньше - тем меньше шумов (у Вас стоит ISO 80 - это то, что нужно). От диафрагмы зависит не только количество света, но и глубина резкости (ГРИП). Для стекинга хорошо не слишком её зажимать, хотя особо большой роли не играет. У Вас f=5.6 (когда снимаете в режиме приоритета диафрагмы, AV 5.6), можно оставить или ещё немного прикрыть. Остаётся выдержка! Вот её и надо экспериментально подбирать, сначала методом проб и ошибок, потом быстро научитесь сразу довольно точно определять. Как написал выше, выдержку надо подобрать такую, чтобы на снимке не было чисто белых, пересвеченных участков с запредельной яркостью. Длиннее выдержка - светлее снимок, короче выдержка - темнее.
Вот тут как раз надо выбрать не авто, а ручной (manual) режим! Авто-режимы камер при таких нестандартных использованиях имеют обыкновение серьёзно ошибаться, тут по-любому лучше иметь полный контроль и свободу делать так, как надо. Баланс белого (White balance) на первые опыты сгодится и Tungsten (лампа накаливания, ежели она используется), но по-любому фиксированный, а не авто.

Ещё одна засада может быть, но пока не смотрел, не знаю подробностей конструкции микроскопа. Ежели при наводке на резкость двигается не тубус, а столик, но осветители стоят на столе (или прикреплены к тубусу), то тогда при изменении высоты столика направление света будет меняться, тени будут ползти от снимка к снимку. Это плохо, надо как-то избегать или хотя бы минимизировать эффект. То же рассеивание света может помочь, более сильное. Либо как-то осветители к столику приаттачить, но это несколько сложнее...

Ещё можно попробовать снимать не на белом фоне, а на каком-нибудь сером...

на камере настройки у меня тоже "авто", менять на другие?

эх, было бы больше... но даже рассположенными в непосредственной близи,я ничего не вижу в обьективе , буду ждать мастера для починки, родного света
замечательная идея! ЗЫ мой стаканчик не прозрачный, а матовый
выдержка это что? какая кнопка? как называется?
это та, что у меня сейчас сломалась? Светит из тубуса, сверху на обект? этот момент выскакивает когда я нажимаю вариант Best options

двигается тубус с осветителями. Вариант этот

читаете мои мысли , красиво получается на сине-голубом, но я не знаю насколько корректно выставлять-печатать такие снимки... ведь есть вероятность окраски белых и прозрачных деталей или визуальное изменение цвета кружевницы, а тaк оооочень красиво, все детальки, ячейки, волоски видно

Если мне память не изменяет , у камеры при их подключении к компьютеру (и управлении с него) настройки в самом фотоаппарате не играют роли, почти всё это делается из компьютерной программы для съёмки. Вот в программе и надо выбрать ручной режим, тогда можно ставить самостоятельно и диафрагму, и выдержку (см. ниже).
Помню лишь одно исключение: с компьютера нельзя настраивать/сохранять в камере пользовательский баланс белого, только выбирать...

Это что, выходит свет такой слабенький, или на окуляры мало приходится, а (почти) всё в камеру поступает? Вроде увеличение небольшое, должно быть видно... По идее, на тринокулярах обычно ставят такой переключатель с тремя положениями:
- весь свет из объектива в окуляры (т.е. в глаза),
- весь свет в дырку для камеры,
- "50/50" (пополам).
Может, есть смысл направить весь свет в камеру и смотреть небольшое живое превью на компьютере (у компактов оно, увы, небольшое), периодически делая пробные снимки?

Выдержка - это время, в течение которого матрица воспринимает свет. Меряется в секундах (обычно в долях секунды, например "1/200 с"). Т.к. съёмка идёт с компьютера (из AxioVision), то все эти настройки делаются оттуда, из программы. Надо зайти в настройки камеры (открыть окошко типа Camera Control или в этом роде поискать), там будут такие параметры, как:
Aperture - это диафрагма
Exposure time - это и есть выдержка
Скорее всего, термины типа таких. AxioVision у меня нет, поэтому я не могу точно сказать, где там какие пункты меню и окошки...

Я сильно подозреваю, что та лампа, что сломалась, люминесцентная (типа "дневного света"), а не накаливания. Накаливания - это те, в которых вольфрамовые нити раскалённые светят и которые сильно нагреваются!
А эти самые "Best options" не трогают ли всех вообще настроек, включая диафрагму и выдержку? Если трогают, то "Best options" не нажимать! Вообще лучше без них, они могут и испортить картинку, хоть и написано "бэст"...
Я там писал только про баланс белого (ББ): это настройка, которая учитывает цвет освещения (чуть "теплее" оно, или "холоднее"). Правда, я не знаю, как именно это дело в AxioVision реализовано. Но где-то баланс белого обязан выбираться!

Вот при этом как раз плохо использовать для стекинга осветители, которые на тубусе! Осветители должны быть неподвижны относительно объекта съёмки при движении тубуса, иначе тени и блики "поедут", на разных снимках в стопке будут на разных местах, менять своё положение. Такой материал не очень годится для стекинга! Тогда лучше независимые отдельные осветители, по сторонам...

Лучше всего - нейтрально-серый цвет, без примесей каких-либо оттенков. Не из-за красоты, а по двум другим причинам, более объективным :
1. Он хорошо получится в широком диапазоне экспозиций (ну, выдержек), не будет пересвечиваться. На нём без проблем можно снимать как очень светлые, так и очень тёмные объекты.
2. Сам по себе нейтрально-серый цвет хорошо (и правильно) использовать, как цветовой репер: если на снимке он ушёл в синеву или в желтизну, - значит, и все остальные цвета на объекте (насекомыше) тоже ушли настолько же в ту же сторону (а в общем это значит, что при съёмке был выбран неверный ББ). Если потом надо будет привести цвета на фотографии к корректным, подправить ББ, то с помощью снятой нейтрально-серой подложки это делается довольно просто и быстро.

что скажете Dima?
как увеличить поле, у меня kартинки в круге с окантовкой ...
и Live тоже в этом круге
сколько ставить Pixel в Live?, или это не важно?
я в Live вижy все расплывчато, а в окулярах четко
снимки с номерами 1, 11, 2, 22 это только после "Align and balance used frames..." , для сравнения

Это значит, что Вы, скорее всего, снимаете на слишком широкоугольном положении объектива, со слишком большим полем зрения. В отличие от штатных микроскопных камер (без-объективных), у компакта G9 встроенный несъёмный зум-объектив. Надо где-то в AxioVision найти настройку изменения фокусного расстояния (ФР, "зума") объектива (Focus length, Zoom или что-то вроде того), ежели она там есть, м.б. в виде бегунка оформлено. Меряется в мм, у этих Кэнонов типичные значения - 14.78, 16.82, 18.89, 21.97, 25.03, 29.17, 36.78 и 44.4 мм (меняется ступенчато, дискретно), чем больше число - тем больше и увеличение. Однако, насекомыши такие большие, что едва влезают в поле зрения этого третьего отверстия тринокуляра и при увеличении ФР всё равно будут видны чёрные края, либо усы-лапы обрежутся... На самом деле, от этой чёрной рамки крайне желательно избавиться, т.к. CombineZP использует и её тоже для подгонки масштабов! Наверное, придётся одинаково обрезать фотки. Либо, что самое лучшее: снимать при меньшем увеличении бинокуляра, но при большем ФР - таком, при котором чёрная рамка не попадает в поле зрения, а клоп достаточно хорошо увеличен встроенным объективом камеры.

На конечное изображение размер "живой превьюшки" не влияет. Просто удобнее смотреть-настраиваться, ежели её растянуть хотя бы в 2 раза, я так делаю. Это просто увеличит размеры пикселов превью, пиксельный размер самой передаваемой "живой картинки" постоянный и небольшой. При съёмках стекинг-серий лучше руководствоваться изображением на превью, плюс делать быстрые "пробники" низкого разрешения. Хотя я не знаю, есть ли такая удобная функция в AxioVision. Ежели нету, то стоит подумать об альтернативном ПО. Почитав про этот AxioVision, я вообще думаю, что работать с нею в связке с G9 не очень удобно, система уж слишком громоздкая и запутанная. Не думаю, что Вы используете хотя бы 1% от её возможностей, но этот 1% гораздо лучше и удобнее реализован, например, вот в этой программе:
http://www.breezesys.com/PSRemote/features.htm

Это может быть по двум причинам, в т.ч. одновременно :

1. Просто объектив не наведён на резкость, хотя дистанция до объекта находится в допустимых пределах. Где-то в проге, возможно, должна быть кнопочка обновления фокусировки, наведения на резкость. Ежели фотоаппарат пытается сам навестись, но у него ничего не получается, то см. дальше.

2. Сильно рассогласованы фокусы для окуляров и для фотоаппарата. Тут два подварианта:

а) Простой случай (и простое решение): ежели у бинокуляра можно крутить колечки (подстраивать резкость) на обоих окулярах, то стоит попробовать при резком живом превью с камеры (когда она нормально навелась на резкость) эти колечки покрутить, пытаясь подстроить окуляры под оптику с камерой. Но обычно можно вертеть только один окуляр, подстраивая его ко второму (т.е. только лишь учитывая разницу в зрении между двумя глазами). Посему, в таком случае приходится переходить ко

б) Второму варианту исправления, иногда более противному: надо как-то изменить положение фотоаппарата над дыркой тринокуляра, подвинуть камеру выше или ниже до одновременной резкости в окулярах и на превью. Это ещё зависит от того, что за переходник использован между камерой и бинокуляром, этого я просто не знаю. Но обычно есть хотя бы некоторая свобода перемещения переходника вверх-вниз в гнезде бинокуляра, с фиксацией найденного положения винтиком. Ежели именно это решит проблему (с коротким переходником типа C-Mount, с линзой внутре), то очень советую после фиксации нарисовать тонкую как можно более точную риску на переходнике по этому уровню, чтобы потом при случайном смещении к нему вернуться. Но ежели переходник - это просто длинная пустотелая труба, то придётся существенно менять длину этой трубы (по сути - ставить другую)...

Да, что ещё ОЧЕНЬ важно! Стопки снимков для стекинга надо обязательно снимать при включённой блокировке автофокуса, должна быть поставлена галочка типа "Lock Autofocus"!

Они уже ЗАМЕТНО лучше по свету! Хотя, честно говоря, особого порядка в серии (для использования в стекинге) не усмотрел... На некоторых виден такой серьёзный брак, как сильный смаз из-за "шевелёнки": видимо, система сильно тряслась в момент съёмки. Такую тряску надо полностью исключить, не дышать на клопа и (почти) не касаться стола в критические моменты, да чтобы рядом не топали... Особенно на длинных (долгих) выдержках.
22-го не нашёл...
Вообще же, я раньше (когда ещё совсем только начинал пробовать) после съёмки быстро "прогонял" всю стопку снимков во вьюере, следя, чтобы от снимка к снимку последовательно смещалась зона резкости, в одном направлении. На такого клопа, кстати, по моим чисто интуитивным прикидкам, надо не менее 10-15 снимков делать...

P.S. Кстати, картинки можно (и лучше во многих отношениях) вставлять и тут прямо в форум, при редактировании сообщений (см. внизу "Обзор..." и "Добавить файл").