Текущее время: Вт июл 16, 2019 4:08 pm

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 391 ]  На страницу Пред.  1 ... 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27  След.
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Ср май 23, 2012 10:42 pm 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Пт дек 08, 2006 5:47 pm
Сообщения: 363
Владимир Давыдов писал(а):
Это количество закрепившихся полезных мутаций.


Нет, в большинстве своём это закрепившиеся нейтральные мутации. Читайте уже, что я вам написал. Я для кого старался?

Владимир Давыдов писал(а):
Это мутация!


А я по отношении к ней произвожу естественный отбор.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Ср май 23, 2012 11:13 pm 
Не в сети
Член Макроклуба
Аватара пользователя

Зарегистрирован: Сб апр 22, 2006 5:36 pm
Сообщения: 2099
Откуда: Ст.-Петербург
wormball писал(а):
Нет, в большинстве своём это закрепившиеся нейтральные мутации. Читайте уже, что я вам написал. Я для кого старался?


Сути это не меняет. 1.5 мутации на 100 нуклеотидов 4.5 на 300 нуклеотидов. А теперь скажите на сколько нужно умножать, чтобы получить количество любых мутаций на участок в 300 нуклеотидов? Что-то мне подсказывает, что именно "в хлам " :)


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Ср май 23, 2012 11:19 pm 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Пт дек 08, 2006 5:47 pm
Сообщения: 363
Истинно вам говорю, читайте, что я вам написал! Когда прочтёте и осознаете - тогда поговорим.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Ср май 23, 2012 11:24 pm 
Не в сети
Член Макроклуба
Аватара пользователя

Зарегистрирован: Сб апр 22, 2006 5:36 pm
Сообщения: 2099
Откуда: Ст.-Петербург
wormball писал(а):
Истинно вам говорю, читайте, что я вам написал! Когда прочтёте и осознаете - тогда поговорим.

Похоже вам нечего мне возразить :)


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Ср май 23, 2012 11:29 pm 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Пт дек 08, 2006 5:47 pm
Сообщения: 363
Зачем мне возражать, ежели мои слова не будут услышаны? Я и так уже чрезмерно уподобился клоуну.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Ср май 23, 2012 11:39 pm 
Не в сети
Член Макроклуба
Аватара пользователя

Зарегистрирован: Сб апр 22, 2006 5:36 pm
Сообщения: 2099
Откуда: Ст.-Петербург
Итак, все-таки как я и думал... Если предположить, что ЭРВ является неработающим участком генома, то за те несколько миллионов лет, которые прошли с момента его встройки он должен был измениться "в хлам ", то есть до неузнаваемости. Придется искать другие объяснения. Либо ЭРВ является рабочим участком либо он каким-то образом встроился в одно и то же место у шимпанзе и человека недавно либо есть еще какое-то объяснение которое мы попытаемся найти...


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 12:09 am 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Пт дек 08, 2006 5:47 pm
Сообщения: 363
Владимир Давыдов писал(а):
либо он каким-то образом встроился в одно и то же место у шимпанзе и человека недавно


Ну вот как с вами говорить? Я вам ещё давно привёл ссылку - этих несчастных алу-повторов в человеческом геноме миллион. Знаете, сколько это - миллион? Миллион - это больше одного, намного больше.

Владимир Давыдов писал(а):
Если предположить, что ЭРВ является неработающим участком генома, то за те несколько миллионов лет, которые прошли с момента его встройки он должен был измениться "в хлам ", то есть до неузнаваемости.


Совершенно верно. И то, что они неполиморфные, объясняется просто - они встроились в геном совсем недавно, уже после разделения человека и шимпанзе. Только никто не говорит, что они у человека и шимпанзе всюду встроились в одни и те же места. Встраивание происходит случайно (ну, правда, оно происходит только в тех местах, где есть определённая последовательность - вот в этом смысле можно сказать, что у человека и шимпанзе эти места одинаковые). А вот те 0,5%, которые полиморфные - вот они, скорее всего, встроились до разделения человека и шимпанзе, и должны быть в одинаковых местах. А неполиморфные от них произошли уже после того как. Судя по тому, что википедия пишет, что подобные повторы есть у всех приматов и грызунов - они всё же порой выбраковываются из генома, оттого мы и видим почти исключительно "молодые" повторы. Чтобы это дело описать точнее - надо рыться в литературе.

Владимир Давыдов писал(а):
Либо ЭРВ является рабочим участком


Разумеется, МГЭ является рабочим участком. Он выполняет работу по размножению самоё себя. Оттого и не превращается в хлам. Бывают "мёртвые" МГЭ, которые уже не могут размножаться - вот они разрушаются.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 12:13 am 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Сб апр 26, 2008 9:48 pm
Сообщения: 4802
Откуда: Нижний Новгород
Владимир Давыдов писал(а):
Итак, все-таки как я и думал... Если предположить, что ЭРВ является неработающим участком генома, то за те несколько миллионов лет, которые прошли с момента его встройки он должен был измениться "в хлам ", то есть до неузнаваемости. Придется искать другие объяснения. Либо ЭРВ является рабочим участком либо он каким-то образом встроился в одно и то же место у шимпанзе и человека недавно либо есть еще какое-то объяснение которое мы попытаемся найти...


Я (и не только я) приводил вам примерную скорость накопления мутаций. Она, как уже говорилось, довольно вариабельна, но достаточно мала для того, чтобы за миллионы лет какая-либо нуклеотидная последовательность осталась вполне узнаваемой. Вспомните пример с шимпанзе и человеком - наши нуклеотидные последовательности различаются на пару процентов, и это при том, что линии человека и шимпанзе разошлись примерно 7 миллионов лет назад. Вообще, ощущение такое, что вы в принципе не читаете ответы оппонентов, все уже разжевано не по одному разу.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 12:25 am 
Не в сети
Член Макроклуба
Аватара пользователя

Зарегистрирован: Сб апр 22, 2006 5:36 pm
Сообщения: 2099
Откуда: Ст.-Петербург
VLANN писал(а):
Владимир Давыдов писал(а):
Итак, все-таки как я и думал... Если предположить, что ЭРВ является неработающим участком генома, то за те несколько миллионов лет, которые прошли с момента его встройки он должен был измениться "в хлам ", то есть до неузнаваемости. Придется искать другие объяснения. Либо ЭРВ является рабочим участком либо он каким-то образом встроился в одно и то же место у шимпанзе и человека недавно либо есть еще какое-то объяснение которое мы попытаемся найти...


Я (и не только я) приводил вам примерную скорость накопления мутаций. Она, как уже говорилось, довольно вариабельна, но достаточно мала для того, чтобы за миллионы лет какая-либо нуклеотидная последовательность осталась вполне узнаваемой. Вспомните пример с шимпанзе и человеком - наши нуклеотидные последовательности различаются на пару процентов, и это при том, что линии человека и шимпанзе разошлись примерно 7 миллионов лет назад. Вообще, ощущение такое, что вы в принципе не читаете ответы оппонентов, все уже разжевано не по одному разу.

У Вас есть данные по тому какой процент мутаций является нейтральным/полезным? Мне что-то попадаются только общие слова про то что большинство мутаций вредны. если предположить, что эта цифра порядка 1000, то на участке в 300 нуклеотидов за 5.5-7 млн лет должно произойти порядка 4500 мутаций. Но если мы приняли считать, что ЭРВ является рабочим участком, то это не имеет значения.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 12:46 am 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Пт дек 08, 2006 5:47 pm
Сообщения: 363
Владимир Давыдов писал(а):
У Вас есть данные по тому какой процент мутаций является нейтральным/полезным?


По нейтральным более или менее ясно, а по полезным, насколько я знаю, таких данных ни у кого нет. Но этим занимается, в частности, упомянутый профессор Кондрашов. Пользуясь случаем, ещё раз уподоблюсь клоуну и посоветую вам посмотреть его лекции. Не помню, он или не он изобрёл, но метод очень красивый. Ежели по мутации происходил положительный естественный отбор (то бишь мутация была полезной), тогда последовательность вокруг неё будет передаваться с этой мутацией, а значит, распространяться по популяции. Вспомним, что, как правило, в популяции существует довольно серьёзный полиморфизм. А когда одна мутация (вместе с тем куском последовательности, в котором она изначально произошла) вдруг распространяется в популяции за короткое время - понятное дело, что весь тот полиморфизм, который в этом месте был, заменяется на одну-единственную последовательность, ибо за это время мутации в ней не успевают накопиться. Стало быть, ежели по мутации недавно происходил положительный отбор, место вокруг неё должно быть "зачищено" от полиморфизмов. И находя такие места, мы можем эти полезные мутации локализовать. И отделить от нейтральных мутаций, ибо в нейтральном случае ничего подобного не происходит. Возможно, таким методом уже получены первые результаты, но мне лень искать.

Владимир Давыдов писал(а):
если предположить, что эта цифра порядка 1000


Какая такая цифра?

Владимир Давыдов писал(а):
то на участке в 300 нуклеотидов за 5.5-7 млн лет должно произойти порядка 4500 мутаций.


У меня отчего-то получается 1,8 (или 3,6 суммарно с шимпанзе).
VLANN писал(а):
скорость накопления мутаций. Она, как уже говорилось, довольно вариабельна


Ну, в случае нейтральных мутаций она всё же достаточно постоянна. Говорят, что у грызунов она поболее.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 1:05 am 
Не в сети
Член Макроклуба
Аватара пользователя

Зарегистрирован: Сб апр 22, 2006 5:36 pm
Сообщения: 2099
Откуда: Ст.-Петербург
wormball писал(а):
Владимир Давыдов писал(а):
если предположить, что эта цифра порядка 1000


Какая такая цифра?



Это предположительное цифровое выражение слов :" большинство мутаций являются вредными". Дайте свою цифру.

Итак получается, что в ЭРВ вредные мутации отсеиваются и за 5.5-7млн лет в принятой в качестве примера общей для человека и шимпанзе в 299 нуклеотидов последовательности могло произойти порядка 4-5 мутаций, что позволяет узнать эту последовательность.


Последний раз редактировалось Владимир Давыдов Чт май 24, 2012 1:11 am, всего редактировалось 1 раз.

Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 1:10 am 
Не в сети
Член Макроклуба
Аватара пользователя

Зарегистрирован: Сб апр 22, 2006 5:36 pm
Сообщения: 2099
Откуда: Ст.-Петербург
wormball писал(а):
Владимир Давыдов писал(а):
то на участке в 300 нуклеотидов за 5.5-7 млн лет должно произойти порядка 4500 мутаций.


У меня отчего-то получается 1,8 (или 3,6 суммарно с шимпанзе).


Вы говорите о нейтральных/полезных мутациях, я же пытался подсчитать количество всех (включая вредные) которые могут сохраняться в неработающих участках гена. Но на сколько я понял Вы утверждаете что общий ЭРВ шимпанзе и человека работающий.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 1:33 am 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Сб апр 26, 2008 9:48 pm
Сообщения: 4802
Откуда: Нижний Новгород
Владимир Давыдов писал(а):
Но на сколько я понял Вы утверждаете что общий ЭРВ шимпанзе и человека работающий.


Насколько я понял, никто такого не утверждал. Более того, у человека нет ЭРВ, проявляющих вирусную активность. И даже, вроде бы, нет таких ЭРВ, которые сохранили бы функции транспозонов.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 1:42 am 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Сб апр 26, 2008 9:48 pm
Сообщения: 4802
Откуда: Нижний Новгород
wormball писал(а):
Ну, в случае нейтральных мутаций она всё же достаточно постоянна. Говорят, что у грызунов она поболее.

Не все так просто. Во-первых, сказать, какие мутации нейтралны, а какие нет, очень сложно. Считалось, что такими являются, например, синонимичные однонуклеотидные замены, но недавно выяснилось, что разные синонимичные кодоны обеспечивают разную скорость синтеза белкового продукта, т.е. они на самом деле не равнозначны с физиологической точки зрения.
Во-вторых, в разных участках ДНК даже у одного организма скорость мутирования очень различается, что представляет большую проблему, в частности, для метода "молекулярных часов" - ведь сначала ученые представляли себе процесс накопления мутаций именно как равномерно тикающие часы, а оказалось, что "часов" много - каждый ген представляет собой отдельные, по-своему настроенные, "часы". Еще, наверное, стоит упомянуть, что скорость мутирования митохондриальной ДНК заметно выше, чем ядерной. А у прокариот вообще весело оказалось: у них бывают мутации, повышающие скорость мутирования на порядок и более. Так случилось, например, в этом эксперименте:
http://elementy.ru/news/431179


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Жизнь: что это и откуда?
СообщениеДобавлено: Чт май 24, 2012 1:47 am 
Не в сети
Член Макроклуба

Зарегистрирован: Пт дек 08, 2006 5:47 pm
Сообщения: 363
Владимир Давыдов писал(а):
Это предположительное цифровое выражение слов :" большинство мутаций являются вредными". Дайте свою цифру.


Тогда эта цифра должна быть меньше единицы. Насколько я представляю - более 90% мутаций являются нейтральными (учитывая, что 90% генома вообще не работают, а в белках порядка 25% мутаций синонимичны), из оставшихся большинство либо очень слабо вредны, либо очень слабо полезны. Чтобы узнать точную долю откровенно вредных мутаций, думаю, надо обращаться к исследованиям по наследственным заболеваниям. Но грубую оценку можно произвести - поскольку в среднем на поколение 60 мутаций, а дети в большинстве своём выживают, то вредных мутаций должно быть заметно меньше одного процента от общего числа. Хотя здесь ещё есть различные приколы с гетерозиготностью и прочим взаимодействием генов.

Владимир Давыдов писал(а):
Итак получается, что в ЭРВ вредные мутации отсеиваются и за 5.5-7млн лет в принятой в качестве примера общей для человека и шимпанзе в 299 нуклеотидов последовательности могло произойти порядка 4-5 мутаций, что позволяет узнать эту последовательность.


Ну приблизительно так. По-хорошему здесь надо строить отдельную модель, учитывающую, что происходит два по сути вложенных цикла размножения - размножение человека (генома) и размножение МГЭ. В принципе, пользуясь только данными википедии и силой разума, можно оценить скорость размножения МГЭ, но надо хорошо подумать. Возможно, я даже это сделаю, но не сейчас.

Владимир Давыдов писал(а):
Вы говорите о нейтральных/полезных мутациях, я же пытался подсчитать количество всех (включая вредные) которые могут сохраняться в неработающих участках гена.


Ежели участок неработающий - то все изменения в нём по определению нейтральны. Разве что те, которые возвращают его к жизни, но ими можно пренебречь.

Владимир Давыдов писал(а):
Но на сколько я понял Вы утверждаете что общий ЭРВ шимпанзе и человека работающий.


Скажем так, когда человек и шимпанзе ещё не разделились, у них явно присутствовали работающие алу-повторы. Вот сохранились ли именно эти их экземпляры (а ежели сохранились, то в работающем ли состоянии) в современных людях и шимпанзе - большой вопрос. Ежели принять, что из генома они довольно регулярно вырезаются (что следует из данных википедии) - то возможно, что и не сохранились. А ежели всё же сохранились, то я думаю, что они должны были сохранить работоспособность, ибо 1,8 мутации - не так уж много.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 391 ]  На страницу Пред.  1 ... 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27  След.

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти: